La historia de la Junta Mayor de Cofradías y Hermandades de Semana Santa de Pilar de la Horadada comienza cuando finaliza la Semana Santa del año 1996 cuando miembros de las diferentes cofradías deciden unirse y aunar fuerzas para mejorar los desfiles procesionales de Pilar de la Horadada.
La primera reunión tuvo lugar en la sede de la Asociación de las Amas de Casa acudiendo a esta dos miembros de cada cofradía, un total de 14 personas. Estas personas son las consideradas como fundadores de la Junta Mayor de Cofradías y Hermandades de Pilar de la Horadada.
Durante los primeros años fue difícil realizar los cambios previstos, ya que había muchas costumbres adquiridas con los años, pero con trabajo, esfuerzo y disciplina, consiguieron recaudar fondos, interactuar con el Ayuntamiento para conseguir ayudas, tener un pregón anual, un cartel anunciador y una revista anual. Y sobre todo, consiguieron lo mas importante, coordinar todas y cada una de las salidas procesionales.
Durante el primer año se llegaron a organizar más de 20 reuniones para poner en marcha la organización de la nueva era de la Semana Santa Pilareña consiguiendo la mayoría de los objetivos propuestos.
Ese mismo año, en 1997, se crean dos nuevas procesiones. La de ''Las Mantillas'', que tendría lugar Domingo de Ramos por la tarde y la del ''Silencio'' que tendría lugar Jueves Santo por la noche.
El primer pregonero de la Semana Santa Pilarena fue Dos Arsenio Irigoyen, antiguo párroco del pueblo y se acordó que cada ano fuese un reverendo que hubiera tenido relación con el pueblo. De la misma manera, ese año fue el primero que hubo cartel anunciador de Semana Santa, siendo la imagen del Santísimo Cristo de la Eucaristía el protagonista del mismo y acordando, que cada año fuese protagonista del cartel anunciador, una imagen.
Antes de la aparición de la Junta Mayor, los tronos que participan en la Procesión General del Santo Entierro, que por aquel entonces solo eran cinco, salían cada uno del barrio que en su día le fue asignado por el párroco Don Arsenio Irigoyen. La nueva Junta decide concretar todos los pasos, que ya eran siete, en la Calle San Isidro para su punto de salida.
La ''carrera oficial'' para la procesión general del Santo Entierro comenzaría en la Avenida San Pedro. Actualmente, se sigue manteniendo este punto como inicio de la ''Carrera Oficial'' de la Procesión General del Santo Entierro,
El primer presidente fue José Manuel Samper Navarro, que estuvo en el cargo durante seis años.
En 2002, y tras unos años complejos, ya que hubieron mucho cambios, se reunió la Junta Mayor y presento su dimisión en bloque, por lo que se tuvieron que convocar elecciones con urgencia para elegir nuevo presidente y nueva Junta directiva. Tras las votaciones salió elegido Ramón Eugenio Escudero Albaladejo que permaneció en el cargo de presidente hasta su fallecimiento en 2012, siendo sustituido temporalmente por María del Carmen Martínez Sánchez hasta que se celebraron elecciones nuevamente.
Es en agosto de 2012 cuando se vuelven a celebrar elecciones siendo elegida María del Carmen Villaescusa Sáez, que hasta el día de hoy sigue siendo la presidenta de la Junta Mayor de Cofradías y Hermandades de Semana Santa de Pilar de la Horadada.
Desde su formación en 1996 hasta la actualidad, la Junta Mayor ha logrado sacar a las calles de Pilar de la Horadada, una decena de procesiones, ya que a la tradicional Procesión General del Santo Entierro, o el Vía Crucis de Viernes de Dolores, se le suma la del Encuentro de Domingo de Resurrección, la de Las Palmas y Las Mantillas en 1997, Domingo de Ramos, El Silencio en 1997, Jueves Santo por la noche y el Encuentro en la Calle de la Amargura, Miércoles Santo.
Fue con el mandato de Mari Carmen Villaescusa cuando se crea el Vía Crucis infantil en 2013 y en 2015 el Vía Crucis de Nuestro Padre Jesús Cautivo del amor, que se realiza el primer viernes de marzo. En 2016, se instaura el Vía Crucis Ecuménico en Pinar de Campoverde y las ultimas procesiones que se suman a la historia de Pilar de la Horadada es la Procesión Infantil que tiene lugar el Martes Santo por la tarde y la Procesión del Martirio del Señor que se celebra el Lunes Santo por la noche.
MIEMBROS DE LA JUNTA MAYOR DE COFRADÍAS Y HERMANDADES DE LA SEMANA SANTA DE PILAR DE LA HORADADA
Presidenta → María del Carmen Villaescusa Sáez
Vicepresidente 1º → Fulgencio Fructuoso Sánchez
Vicepresidenta 2ª → Isabel Aniorte García
Secretario → Andrés Martínez Hernández
Vicesecretario → Juan Ibáñez Plantón
Tesorero → José Ramón Sáez Garnés
Protocolo → Mari Fe Egea López
Consiliario → Ramón Belda Díez
Vocales → Rosario Martínez Galera
→ Ángel Pérez Fernández
→ Antonio Moreno Patiño
→ Isabel Castro Ortiz
→ Juan Enrique Riquelme Rosique
→ Onofre García Munuera