La Cofradía del Cristo Crucificado se remonta al año 1970, cuando comenzó a salir una imagen del mismo, de poco mas de una metro de altura, sobre un trono realizado gracias al esfuerzo de los vecinos de Pilar de la Horadada y llevado a hombros.
El trono se adornaba con plantas del campo de la Horadada que traían los vecinos o se adornaba con flores secas, puesto que no disponían de flores frescas.
Este paso estuvo saliendo a la calle hasta 1974, que fue cuando la familia Escudero Albaladejo adquirió la nueva talla del Cristo Crucificado a los Talleres de arte religioso de Olot. Esta familia financió la compra de esta imagen debido a una promesa que habían realizado, para que no surgiera ningún problema con el último embarazo de la madre.
A partir de 1975, comenzó a salir por las calles del pueblo la nueva imagen de Jesús en la Cruz, apoyado sobre un antiguo trono de la patrona, la Santísima Virgen del Pilar. Esto se estuvo realizando de este modo hasta que en el año 1994 se realizó un nuevo trono a ruedas. Además ese mismo año se sustituyó el arreglo floral que hacían las vecinas por uno realizado por un florista profesional.
En 1995, se confeccionó un nuevo estandarte por parte de la modista Teresa Torres. Este fue realizado en terciopelo granate con las insignias de la Cruz y la Lanza con esponja, características de la Cofradía, que sustituyó al antiguo que era de raso. En 1998, se sustituyeron los antiguos hachotes, que iban cogidos al mismo trono con un cable eléctrico a unas baterías, por unos más actuales con pilas incorporadas. Además, ese mismo año, se adquirió otro nuevo trono, que desfiló hasta el año 2006 por las calles de Pilar de la Horadada.
Los penitentes del tercio, van uniformados con una túnica granate de terciopelo, con el escudo de la cofradía, cordón dorado y guantes blancos y portan unos hachotes dorados coronados por una tulipa de cristal, que deja pasar la luz. en 2008, se estrenaría la túnica del postaestandarte.
La Cofradía del Cristo Crucificado se hermanó en el año 1999 con la Hermandad de Nuestra Señora de la Esperanza Pilareña, y desde entonces, tradicionalmente, el Domingo de Ramos, la Virgen de la Esperanza, a hombros de sus costaleros, pasan por la sede del Cristo Crucificado y le muestran su respeto. De la misma manera, en la Procesión del Silencio del Jueves Santo, el Cristo Crucificado desfila por la sede de la Esperanza Pilareña mostrando sus respetos.
En el año 2000, se confecciona nuevas medallas con la cruz y la imagen del Cristo Crucificado, gracias al diseño de Alfonso Armenteros. El 2001, fue un año muy importante para la cofradía, ya que tendría lugar uno de los hechos mas notorios para la música de la Semana Santa de Pilar de la Horadada, porque se formó la banda de tambores propia de la entidad, compuesta por unos 20 miembros, con la uniformidad de pantalón negro y camisa granate, con un cordón dorado en el brazo y el escudo en el pecho de la cofradía. En todas las salidas procesionales del Cristo Crucificado, abren la marcha su banda de tambores, presidido por un banderín granate y bordado en oro, que fue en su día donado por un miembro de la cofradía.
En el año 2005, impulsados por el anhelo que tenía la cofradía de seguir la estela del resto de cofradías e incluir un tercio de costaleros para llevar al Cristo Crucificado a hombros, se encarga al escultor, dorador y tallista Domingo García Chahuan un nuevo trono, para llevarlo entre 50 costaleros, realizado en madera de cedro peruano, de estilo neobarroco y sevillano, trono de bombo por la forma curva que lo caracterizaba, tallado en forma de calado de alto relieve, con motivos vegetales y volutas. Los costaleros van vestidos con pantalón, zapato y corbata negra y guantes y camisa blancas, en señal de luto.
Al año siguiente, se estrenó un nuevo estandarte, realizado en terciopelo con hilo de oro, realizado por Manuel Escudero y donado por una familia de la cofradía.
Pocos meses después, la familia Escudero, quiso adquirir una imagen del Cristo Crucificado de un metro de altura para rendirle culto en el Centro Parroquial Ikomar.
En la Semana Santa de 2009, se cumplió uno de los objetivos que se marcó la cofradía, que era que en el Vía Crucis de Viernes de Dolores, pudieran desfilar tres cruces portadas por tres voluntarios. La primera vez que salieron estas cruces, fueron portadas por tres mujeres. Además de este cambio, que ya aportó protagonismo, se le sumó la iniciativa de salir la procesión directamente desde la Iglesia e incluso se cambió el itinerario, desfilando por el Barrio Maestro Adolfo, que fue el barrio que Don Arsenio Irigoyen adjudicó a esta cofradía. Este mismo año se adquirieron los primeros cubre-balcones.
La imagen del Cristo Crucificado sale a las calles el Viernes de Dolores, en un Santo Vía Crucis, portado por costaleros sin trono, el Jueves Santo, en la Procesión del Silencio, en el que sale en su trono, a hombros de costaleros y en la que se apagan todas las luces por donde desfila, y por último, Viernes Santo, en la Procesión General del Santo Entierro, también portado a hombros y escoltado como el resto de días por su tercio de penitentes.
En el año 2012, el presidente de la cofradía, Ramón Eugenio Escudero, encarga una nueva imagen del Cristo Crucificado, y es en 2015 cuando ya había fallecido Ramón Eugenio, sale por primera vez a las calles de Pilar de la Horadada. Esta nueva imagen, realizada por José Hernández Navarro, es de cedro real y mide 1'80 metros de altura, y porta una corona de espinas, originarias de Israel. La imagen antigua, que llevaba saliendo más de 40 años, debido al deterioro fue sustituida por la actual.
La Cofradía se formalizó en 1996, actuando como su primer presidente Ramón Eugenio Escudero Albaladejo, hasta su fallecimiento de 2012, siendo además el presidente de la Junta Mayor de Cofradías y Hermandades. Posteriormente a su fallecimiento, se celebró una junta y se decidió por unanimidad que el cargo de presidenta lo cogiera su viuda, Josefa Zapata Pérez.
Antes de esta etapa oficial, la cofradía estuvo dirigida por una decena de personas que junto con los vecinos del pueblo, fueron los impulsores de lo que hoy es la Cofradía del Cristo Crucificado.
